住宅取得について

共有持ち分にするかどうかは家族でよく相談すべきでしょう。
例えば、相続時のことを意識するのであれば、持分を分けておくことで相続対策として有効になることもあります。また、共有にすることで万が一の時、差し押さえされないようにするといったことも想定できるでしょう。ただし、離婚などの場合にはもめる可能性があります。

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私の意見も　おおむね上記の方と同じです。
決して、正解がある訳ではありませんが・・
一般的には、どちらかお一人の名義にされている事が多いように思います。

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持ち分に関してましてはそれ程大きな問題ではないと思います。どちらにしても共有財産ということになります。
相続時にもめごとのもとになる要因ではありかもしれません。
それよりもローンをどう組むかは検討すべきだと思います。
①夫名義でローンを組み、妻は収入合算で連帯債務者となる場合
②夫婦でそれぞれ住宅ローンを組む場合
③妻がある程度で仕事を辞める予定がある場合

それぞれメリットデメリットがあります。

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すでにご回答されている方とほぼ同じですが、今後の奥さまの働き方、借入の方法、借入金額により変わってくると思われます。
取得控除をダブルで受けれるメリットはありますが、今後出産を機に退職されたり、パートなどで収入減少の可能性がある場合は持分を少なくしておいた方がいいかもしれません。
将来離婚なんてことがあれば、少しでも自分の持ち分を多くと、減価償却されない土地のみ持ち分をつけた方もいますし、私は共働きでしたが、借り入れは主人だけの債務だったので、持分はつけませんでした。
返ってくる税金だけでなく、支払う方の税金も変わるものがあるので、一言では結論が出せません。

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まず、最初に現在頭金はありますか？あればいくらですか？その内訳は？仮に900万円の自己資金があった場合、夫名義の貯金で400万円、妻名義で500万円あったとしたら・・・（例）土地2000万円・建物2500万円・経費400万円計4900万円の場合　自己資金900万円なので4000万円が借り入れとなりますね。
この4000万円をどのように借り入れするかが、一つポイントになりますが、将来ずっと共働きを希望し、夫婦ともに収入に大きな差がなければご夫婦それぞれに借入をすることで、それぞれが住宅ローン控除を受けられますが、これは公務員のような絶対的に安定している職業の方に向いていますので、今の経済情勢からみて、これはあまりお勧めできません。
それよりも、夫名義で住宅ローンを組み、妻は収入合算で連帯債務者となるという選択がよいかと思われます。
但し、この事例の場合自己資金で妻が500万円を出しているので、500万円分の持分を持つことは可能です。（この金額を諸費用に回す場合は別ですが）その場合、将来のことを考えると、原価償却する建物よりも土地に持分をつけた方がよいでしょう。これは他の方が回答しているように、将来離婚などの問題が生じた際確かにやっかいですが、妻の資産を確保するという観点から考えた場合は有効な手段ではあります。いずれにせよ、不動産取得後に財務事務所から不動産取得に関するお尋ねがくると思いますので、その際資金の出所が明確になっていてしっかりと説明できるような持分割合で登記するのがよいと思われますので、取得に際し不動産会社かハウスメーカーへ経由で登記時に司法書士が登記をしますので、その司法書士に相談してみるのもよいと思います。

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さてご質問の件ですがご質問者様が取得されるであろう土地、建物の評価にもよりますが現在の日本の地価、経済の動向、ご質問者様が普通の収入の人であると想定した場合、ネガティブな事ですが将来必ず起こるであろう相続の場合奥様と子供さんが２人とした場合遺産総額８０００万円まで税金は一切掛りませんので持分は１００％でも５０％ずつでもどちらでもいいかと思います。
但し将来的にご主人様が銀行から借り入れしたりローンが収入減により払えない場合を想定しますと民法第３８８条の法定地上権を主張して奥様と子供さんを金融機関等含めて債権者から建てられた家屋に住むため守ってあげるんでしたら土地ご主人さん５０％家奥様５０％但し家が建築されるまで土地、更地の時に抵当権を設定すると無効になりますので家が完成してから抵当権の設定が絶対条件になります。
この場合連帯保証人を奥様に要求してきますが拒否してお知り合いか親族の方に頼んだらいいと思います。
最悪銀行等が抵当権の実行を行い土地が第３者に所有権に移転した場合でも裁判所が地代を設定してかなりお安い地代だと思います。地代を払えば家に半永久的に住めるので銀行は嫌がりますがベストの選択肢だと思います。
ただ今の日本の地価から考えますと更地でも購入する人は限られていますので購入した土地の上に建てられた家に住んでいる人がいる土地を購入する人はまずいませんので最終的には銀行とのお金についてのかなりご相談者様有利の折り合い点を見つけるようになるとは思います。
但しこの事例は最悪の事を想定してのことで普通にローンの返済をするには何の問題もありません。

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ご夫婦それぞれが、自己資金と住宅ローンを合わせていくらずつ出したかによって、夫婦の割合が決まってきます。
大切なのは、奥様がいつまで働くのか、どのような働き方をするのか、です。
奥様がこれから先もずっと働くかどうかはわからないという場合、住宅ローン減税を目的に妻が住宅ローンを組むことは、将来影響があるかもしれません。
例えば、借り換えようと思った時に、奥様が仕事を辞めていたりパートなどといったように働き方が変わっていると、ご主人の住宅ローンを含めて借り換えが難しくなる場合もあります。
また、団信の問題も出てきます。
ご夫婦で住宅ローンを組んだ場合、ご主人に万一のことがあったら、妻の分は残ることになります。
まずはご夫婦で、お互いがどのような働き方をしていきたいのか、どのように暮らしていきたいのかを話し合っていただきたいと思います。

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