FPの回答へコメント

まず、最初に現在頭金はありますか？あればいくらですか？その内訳は？仮に900万円の自己資金があった場合、夫名義の貯金で400万円、妻名義で500万円あったとしたら・・・（例）土地2000万円・建物2500万円・経費400万円計4900万円の場合　自己資金900万円なので4000万円が借り入れとなりますね。
この4000万円をどのように借り入れするかが、一つポイントになりますが、将来ずっと共働きを希望し、夫婦ともに収入に大きな差がなければご夫婦それぞれに借入をすることで、それぞれが住宅ローン控除を受けられますが、これは公務員のような絶対的に安定している職業の方に向いていますので、今の経済情勢からみて、これはあまりお勧めできません。
それよりも、夫名義で住宅ローンを組み、妻は収入合算で連帯債務者となるという選択がよいかと思われます。
但し、この事例の場合自己資金で妻が500万円を出しているので、500万円分の持分を持つことは可能です。（この金額を諸費用に回す場合は別ですが）その場合、将来のことを考えると、原価償却する建物よりも土地に持分をつけた方がよいでしょう。これは他の方が回答しているように、将来離婚などの問題が生じた際確かにやっかいですが、妻の資産を確保するという観点から考えた場合は有効な手段ではあります。いずれにせよ、不動産取得後に財務事務所から不動産取得に関するお尋ねがくると思いますので、その際資金の出所が明確になっていてしっかりと説明できるような持分割合で登記するのがよいと思われますので、取得に際し不動産会社かハウスメーカーへ経由で登記時に司法書士が登記をしますので、その司法書士に相談してみるのもよいと思います。