FPの回答へコメント

当方は農地関連は専門業務ですので、いままでの経験から回答します。

まず、その手付金の支払い経緯と、交わした書類などをお見せくださればもっと詳しくお話できるのですが、今回の情報のみから申し上げますと、建築士さんのおっしゃるとおりですよ。
農地の売買には農地法５条許可もしくは届出が必要で、それが許可である場合は、許可がおりないと契約自体できないのが原則です。手付金をしはらった際の書類のなかに、「農地法の届出や許可が下りなかったら契約は遡及して無効となる」旨の文言をいれて契約する場合がありますが、私はそのような契約は慎重にするべきですし、できればするべきではないとも思っているくらいです。実務上はそのような契約は結構あるようですが。
とにかく、もう一度書類の文言をすみずみまでご覧ください。
また、農地法の許可もしくは届出手続は、最低でも１～２ヶ月かかりますし、案件によっては半年かかる場合もあります。

その上で、疑問点等ありましたら、ご連絡ください。

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