FPの回答へコメント

ファイナンシャルプランナーの渡辺博士です。
通常、ＦＰとしての立場でお答えできる範囲に限界がありますので、あくまで一般論としてお考えください。

まず、2000年の貸付をした時点で、その資金は返済を受ける権利は有しておりますが、その資金についてお父様に株式を買う要請をしたり、ほかの指示は出せない立場でないことをお考えいただきたいということ。（預けたのなら別、しかしお父様のご商売のためですよね。）
又、2003年に株式が買えない海外にお住まいとのことなので、その資金を返済を受けたのちに株式の買付け指示をしたとしても、ご自身の名義でない以上、お父様がご自身の資金で買付けをしたのと同じことになります。あくまでneckeyさんがアドバイスをすることで、お父様の株式買付けをサポートしただけ。（そうでなければ借名口座として法に触れます。）
よって、お父様が管理するのは当然の結果といえましょう。
さらに株式の名義を変えるということは、上場株式なら一旦売却してその資金によって返済を受けたのちにneckeyさん名義で買付けするのが筋でしょう。当然、利益はお父様のものとなり、neckeyさんは現在の時価で買付けることとなります。
勿論株式を売却しないで返済でも構いません。その際どちらの場合も特定口座か一般口座かで資料がそろっているのかどうかも判断材料の一つになるでしょう。
もう一つ、未上場の株式ということになると、株主総会や取締役会などを経る必要があるのと、株価の時価を計算することとなりますので、面倒な手続きが必要となりますが、金額が不明瞭なら法律家の手を借りる必要があります。又金額が上場会社と同じ規模なら証券会社へ相談した方がいい場合もあります。

いずれにしても、本来株式を買い付けできない場所で買おうとしたのであれば、お父様の名義から脱することは基本的にはできないということになり、法律を逸脱する可能性もあることから、難しいでしょう。